江戸では金貨が流通する「金遣い（きんづかい）」であったのに対して、上方（大坂）では主として銀貨が流通する「銀遣い（ぎんづかい）」であった。江戸と上方を中心とする交易上の理由と、金貨・銭貨（計数貨幣）と銀貨（秤量貨幣）の特徴の違いから、日常的に三貨の間で両替商による両替が必要であった。御定相場として金1両＝銀50匁＝永1貫文＝鐚4貫文（4,000文）（1609年制定、1700年には金1両＝銀60匁＝銭4貫文に改定）と定められたが、実際には変動相場制で取引され高度な経済活動が行われていた。後に幕府は南鐐二朱銀を発行して金銀の換算率の統一を図って一定の成果を収めた。幕府貨幣の三貨の他に米も貨幣として流通し、大名領国では藩札と呼ばれる紙幣も発行されていた（一部には銅銭・鉄銭などの銭貨形式で発行されたものもある）。更に多額の金銭の輸送のリスクを避けるために為替のシステムが発達する事になる。
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だが、経済の拡大に伴い通貨の流通不足と幕府財政の悪化が深刻化した。このため江戸幕府では度々金銀貨の改鋳が行われた。元禄・宝永（小判1回、丁銀4回[3]）・正徳・享保（小判のみ[4]）・元文・明和（五匁銀、南鐐二朱判）・文政・天保・嘉永（一朱銀のみ）・安政・万延（小判のみ）の計14回（ただし、一方のみの改鋳もあるので、実際には小判9回、丁銀10回となる）にもわたる改鋳が行われた。